В 1913 годуТомазо Моретти создал семью Моретти. В процессе «царствования» Моретти была начата война между семьями Винчи и Моретти, в ходе которой дон Моретти погибает. Место дона занимает его капореджиме Карло Фальконе и основывает новую группировку, со временем добравшуюся до соперничества с семьёй Винчи.
Власть развратила Карло, и он стал очень безжалостным человеком. Эдди Скарпа, заместитель босса, знакомится с Джо Барбаро, и затем, по приказу Эдди, Джо убивает капореджиме Фальконе — Рокко. Когда Вито вышел из тюрьмы, Джо сразу же знакомит его со своим новым другом — Эдди.
Позже Вито и Джо вступают в семью Фальконе. Вито убивает Луку Гурино, Джо убивает Альберто Клементе по приказу Карло Фальконе.
Позже в семью Фальконе вступает Генри Томасино, который "суёт нос куда не следует" и умирает, будучи жестоко истерзанным китайцами, за что друзья Генри (всё те же главные герои второй части) мстят китайцам, уничтожая их ресторан и мистера Ши Юн Вона. Затем по приказу Эдди Скарпа Вито и Джо убивают и главного героя первой игры — Томаса Анджело.
Из-за резни в ресторане друзей находят люди Винчи, от которых они позже сбегают. На следующий день про стрельбу в ресторане узнаёт и Фальконе (которого временно не было в городе). Он приказывает Вито приехать к старой обсерватории. Вито собирается туда ехать, но его «отлавливают» люди Винчи и просят сесть в лимузин, где Лео, друг Вито, говорит, что всё знает о стрельбе. Вся Комиссия была за смерть Вито и Джо. Но Лео попросил Комиссию дать Вито шанс, и они решили — Скалетта должен убрать своего босса, Карло Фальконе.
Вито приезжает к обсерватории, убивает Карло и узнаёт, что Джо — новый капо семьи Фальконе. С этого момента Семья Фальконе прекращает своё существование. Возможно, этого и не произошло, так как Фальконе владел большим бизнесом, тем самым имея постоянный источник дохода, перешедший в руки Дона Фрэнка Винчи.